Světem v Bionic Commando zuří válka. Nathan kdysi bojoval proti Impériu, než byl zrazen svými zaměstnavateli a odsouzen na smrt. Při čekání na exekuci však nastane mohutná exploze a kolaps pohřbívající většinu města. Proč teroristé zaútočili? Odpověď hráč možná nalezne časem, nyní je důležité, že vyděšená vláda agenta s biomechanickou rukou znovu povolává do služby a dává hráčům příslib mnoha hodin zábavy.
Ta v sobě bude mísit boj i zkoumání obklopujícího prostředí – základem titulu je především najít cestu dále, přičemž k postupu většinou poslouží právě multifunkční implantovaná končetina. Ascension je plné trosek, a tak se hlavní náplní stane přemýšlení, jak se přehoupnou přes zbořený most, kterak vylézt na vysokou budovu nebo dosáhnout plošiny vyčnívající na druhé straně propasti. Během toho bude Nathan zuřivě bojovat – střílet půjde ve visu na ruce, při šplhu i během plachtění vzduchem nad některou z překážek.
